礦產(chǎn)資源補償費是采礦權(quán)人因開采消耗屬于國家所有的礦產(chǎn)資源而對國家的經(jīng)濟補償，是礦產(chǎn)資源有償開采和維護國家財產(chǎn)權(quán)益的重要體現(xiàn)。
1986年頒布實施《礦產(chǎn)資源法》并建立了礦產(chǎn)資源補償費制度?！兜V產(chǎn)資源法》規(guī)定國家對礦產(chǎn)資源實行有償開采，開采礦產(chǎn)資源，必須按照國家有關(guān)規(guī)定繳納資源稅和資源補償費。1994年，國務(wù)院頒布《礦產(chǎn)資源補償費征收管理規(guī)定》（國務(wù)院令第150號），明確了礦產(chǎn)資源補償費的征收目的、征收方式、計算方法、費率標準、征收部門等內(nèi)容，為礦產(chǎn)資源補償費的征收提供了可操作性的法律依據(jù)。
為加強礦產(chǎn)資源補償費征收管理，行政主管部門對礦產(chǎn)資源補償費制度進行了不斷完善。1999年印發(fā)的《國土資源部、財政部關(guān)于進一步加強礦產(chǎn)資源補償費征收管理工作的通知》（國土資發(fā)204號），以及2006年印發(fā)的《關(guān)于加強礦產(chǎn)資源補償費征收管理的通知》（國土資發(fā)〔2006〕116號）等文件，強化了礦產(chǎn)資源補償費征收管理，對欠繳費用清理、費用減免、入庫管理、開采回采率監(jiān)督等方面進行了規(guī)定。2013年，原國土資源部印發(fā)《關(guān)于進一步規(guī)范礦產(chǎn)資源補償費征收管理的通知》（國土資發(fā)〔2013〕77號），進一步明確了開采回采率系數(shù)的確定，規(guī)范了礦產(chǎn)品計征銷售收入的確定等內(nèi)容。
隨著我國稅費管理制度改革中“清費立稅”逐步深入，以及礦產(chǎn)資源權(quán)益金制度改革的實施，礦產(chǎn)資源補償費被并入資源稅。2016年，財政部、國家稅務(wù)總局聯(lián)合印發(fā)《關(guān)于全面推進資源稅改革的通知》（財稅〔2013〕53號），規(guī)定在實施資源稅從價計征改革的同時，將全部資源品目礦產(chǎn)資源補償費費率降為零，即從2016年7月1日起停止征收礦產(chǎn)資源補償費。2017年《國務(wù)院關(guān)于印發(fā)礦產(chǎn)資源權(quán)益金制度改革方案的通知》（國發(fā)〔2017〕29號）也明確提出，按照清費立稅原則，將礦產(chǎn)資源補償費并入資源稅，取締違規(guī)設(shè)立的各項收費基金，改變稅費重復(fù)、功能交叉狀況，規(guī)范稅費關(guān)系。至此，作為我國礦產(chǎn)資源有償開采制度重要內(nèi)容的礦產(chǎn)資源補償費，完成了其歷史使命。